La novela entrelaza tres historias enlazadas entre sí:
La visita del diablo a Moscú: En los años 30, el diablo —disfrazado como el profesor de magia negra Woland— llega a Moscú con una grotesca comitiva. Su presencia desata una serie de eventos caóticos, surrealistas y cómicos que exponen la corrupción, la avaricia y la hipocresía de la sociedad soviética de la época.
La historia del Maestro y Margarita: Un escritor, conocido como el Maestro, escribe una novela sobre Poncio Pilato. Tras el rechazo de la crítica y la censura, el Maestro es internado en un manicomio. Desesperado, quema su manuscrito, pero su amada Margarita está dispuesta a todo por recuperarlo y salvar a su amor, incluso a hacer un pacto con el diablo.
La novela del Maestro: La historia que el Maestro escribió, que se narra en capítulos intercalados, relata el encuentro de Poncio Pilato con Yeshúa (Jesús) en la antigua Judea, y la agonía de su dilema moral. Esta historia paralela aborda la traición, la cobardía y la responsabilidad moral.